晶元光電之品質管理系統（含有害物質流程管理）依據ISO 9001、IATF 16949品質管理系統及其要求事項建構、文件化、執行並維持本公司之品質管理系統，持續改善其有效性以符合客戶所需及標準之要求。
品質系統單位與第三方驗證單位積極投入品質管理活動，取得品質認證，建立品質管理系統（ISO
9001、IATF 16949）及相關作業標準暨電子化系統，以「做對、做好、滿足客戶；用心、用智、改善創新」、「推動綠色採購、開發綠色產品；愛護綠色地球、推動持續改善」之方向朝「World leading OE operation center for main stream applications」目標前進。
界定品質管理系統（含有害物質流程管理）所需之流程並施行於組織中，決定各流程之順序及其相互作用，以及有效運作及管制各流程之方法及標準，以確保流程之運作及監控獲得所需適當的資源及資訊之支持。
監控、量測及分析品質管理系統（含有害物質流程管理）之流程，並且實施為達成預期計劃結果及持續改善流程之行動。
識別組織使用的所有有害物質，將其文件化，並識別、管理與HSF 目標相關的特殊過程，確定這些過程的關係和相互作用，並開發一個適當的 HSF 過程管理計畫。
建立標準，以客觀地確定組織的 HSF 過程管理的有效性，確保可獲得必要的資源與資訊，以支持HSF 產品和過程管理的有效性。